این نوع رزین یون‌های منفی موجود در آب را حذف می‌کند و به دو دسته رزین‌های آنیونی قوی (SBA) و رزین‌های آنیونی ضعیف (WBA) تقسیم می‌شود.
رزین‌های آنیونی قوی مانند یک باز قوی رفتار می‌کنند و در هر دو شکل بازی (R-N⁺(CH₃)₃OH⁻) و نمکی (R-N⁺(CH₃)₃Cl⁻) در کل محدوده pH (0–14) قادر به جذب یون‌های منفی هستند، به همین دلیل به آن‌ها رزین آنیونی قوی گفته می‌شود.
رزین‌های آنیونی ضعیف نیز مشابه یک باز ضعیف که معمولاً دارای گروه‌های آمینی اولیه، ثانویه یا ترکیبی هستند (مثل R-NH₂)، عمل می‌کنند و فقط در محدوده خاصی از pH قادر به تبادل یون هستند.

از رزین‌های آنیونی قوی برای حذف یون‌های منفی نظیر کلرید، نیترات، سولفات و سایر آنیون‌ها در کاربردهای پزشکی، صنعتی و تصفیه آب فوق خالص استفاده می‌شود.
از رزین‌های آنیونی ضعیف معمولاً برای حذف اسیدهای معدنی آزاد یا قوی (مانند HCl و H₂SO₄) در کاربردهای خاص یا در سیستم‌های تبادل یونی ترکیبی استفاده می‌شود.
به دلیل اینکه رزین‌های آنیونی ضعیف اسیدها را جذب می‌کنند (و به جای آن یون هیدروکسید آزاد می‌کنند)، باعث افزایش خاصیت قلیایی در آب می‌شوند.